Avec son frère aîné "Brand"
(Josh Brolin) et ses copains les Goonies – "Bagou"
(Corey Feldman) le bavard, "Choco"
(Jeff Cohen) le gourmand maladroit et "Data"
(Jonathan Ke Quan) bardé d'inventions ratées – l'asthmatique "Mikey"
(Sean Astin) est triste de vivre leur dernière journée dans leur agréable ville d'Astoria. En effet, le lendemain, leur lotissement sera saisi pour la création d'un golf. Dès que M
me Walsh
(Mary Ellen Trainor), mère de "Brand" et "Mikey", et Rosalita
(Lupe Ontiveros), la nouvelle femme de ménage espagnole, sont parties, les gamins fouillent le grenier empli de choses anciennes stockées par M. Walsh
(Keith Walker). Découvrant la carte au trésor du légendaire pirate Willie le Borgne, ils décident de le retrouver, dans l'espoir fou de trouver suffisamment pour racheter leurs maisons. Les indications en espagnol, traduites par "Bagou", conduisent les Goonies à un restaurant, supposé fermé à cette période automnale. S'y engouffrant, ils sont accueillis par un trio patibulaire, qui bientôt les jette dehors. "Choco" reconnaît les Fratelli – avec la mère "Mama"
(Anne Ramsey) et ses fils Jake
(Robert Davi), qui vient de s'évader de prison, et Francis
(Joe Pantoliano) – des canailles peu recommandables. Rattrapés par "Brand" qu'ils avaient attachés pour pouvoir sortir, et rejoints par "Andy"
(Kerri Green), amoureuse de celui-ci, et sa copine "Stef"
(Martha Plimpton), ils profitent de l'absence des Fratelli pour s'introduire à l'intérieur. Malgré le monstrueux "Sinok"
(John Matuszak), enfermé par ses frères et sa mère dans la cave, et le cadavre trouvé dans la chambre froide, la jeune équipe persiste et descend dans les sous-terrains selon les indications de la carte. Seul "Choco", parti prévenir la police, tombe malencontreusement sur les Fratelli, qui lui font avouer les raisons de leur présence ici. Enfermé avec "Sinok", il finit par sympathiser avec cet être malgré tout gentil, et aussi gourmand que lui, qui les libère tous deux de leurs chaînes. Pendant ce temps, ses camarades progressent dans un tunnel, trouvant le squelette de Chester Copperpote, le célèbre aventurier parti sur les traces du trésor en 1935, et déjouant les pièges tendus par Willie le Borgne et ses pirates. Les Fratelli étant à leurs trousses, "Data" sème ses propres "Boom j't'attrape" pour ralentir leur progression, parfois avec une certaine efficacité. L'équipe agrandie des Goonies trouve enfin l'immense caverne abritant le navire des pirates. À bord, ils empochent tous les diamants, bijoux et doublons qu'ils peuvent, mais se font surprendre par les infâmes Fratellis, qui leur vident les poches. Heureusement, tels de valeureux pirates, "Choco" et "Sinok" surgissent et les sauvent. Ayant plongé dans la mer, les enfants et leur sauveur se résolvent à regagner l'extérieur et ne revenir au navire que plus tard. Dans leur cupidité, les Fratelli tentent de s'emparer de tout le trésor des pirates mais déclenchent un mécanisme qui provoque l'effondrement de la caverne et le départ au large du précieux navire. Alors qu'une nouvelle journée s'est levée, sur la plage, les Goonies au grand complet retrouvent avec joie leurs familles alertées par la police, et les trois voyous sont arrêtés. Mais le promoteur Perkins
(Curtis Hanson) trouble ces retrouvailles en exigeant de M. Walsh qu'il signe les papiers de la cession de sa maison. Par chance, Rosalita trouve le sac de billes de "Mikey" empli de diamants, ce qui suffit aux Goonies et à leurs familles pour rester vivre à Astoria. Au loin s'éloigne le navire de pirates et son trésor.
